Ohjelma-alue koostuu ydisalueesta, liitännäisalueista ja yhteiskunnallisista, taloudellisista ja kulttuurisista keskuksista. Ohjelman tavoitteet, strategia ja toimintalinjat perustuvat ohjelma-alueen tarpeisiin.
Ohjelman ydinalueeseen kuuluvat Kainuun, Pohjois-Karjalan ja Pohjois-Pohjanmaan maakunnat Suomessa ja Karjalan tasavalta Venäjällä.
Liitännäisalueita ovat Suomessa Lappi, Etelä-Karjala, Pohjois-Savo ja Etelä-Savo sekä Venäjällä Leningradin, Murmanskin ja Arkangelin alueet. Kumppanit liitännäisalueilta ovat tukikelpoisia, jos niiden osallistuminen on hankkeen tavoitteiden näkökulmasta perusteltua ja ne tuovat hankkeeseen sellaista osaamista, mitä ydinalueella ei ole.
Yhteiskunnallisia, taloudellisia ja kulttuurisia keskuksia ovat Helsinki, Pietari ja Moskova. Helsingistä ja Moskovasta hankkeisiin voivat osallistua ainoastaan kansallisen tason julkiset organisaatiot, joilla ei ole toimipaikkaa ohjelman ydinalueella. Pietarista toimijat voivat osallistua, jos se on hankkeen tavoitteiden näkökulmasta perusteltua ja pietarilaiset kumppanit tuovat hankkeeseen osaamista, jota ydinalueella ei ole.
