Hallintoviranomainen
Hallintoviranomainen huolehtii ohjelman toimeenpanosta. Se vastaa hankkeiden valintaprosessista ja allekirjoittaa tukisopimukset. Hallintoviranomainen valvoo ja monitoroi hankkeiden toteuttamista, maksaa tuen hankkeille ja valvoo niiden varojen käyttöä. Hallintoviranomainen vastaa myös ohjelman tiedottamisesta ja näkyvyydestä.
Ohjelman hallintoviranomaisena toimii Pohjois-Pohjanmaan liitto.
Sivutoimipiste
Petroskoin sivutoimipiste avustaa hallintoviranomaista venäjänpuoleisella ohjelma-alueella.
Seurantakomitea (monitoring committee)
Seurantakomitea seuraa ja valvoo ohjelman toteutusta ja vahvistaa hankevalinnat.
Seurantakomiteassa on kymmenen jäsentä: kaksi keskushallinnon ja kolme aluetason edustajaa molemmista maista.
Valintakomitea
Valintakomitea avustaa seurantakomiteaa hankkeiden arvioinnissa. Seurantakomitea tekee päätökset rahoitettavista hankkeista valintakomitean arvioinnin perusteella.
Valintakomitean jäsenet ovat kansallisen ja alueellisen tason edustajia Suomesta ja Venäjältä.
